分叉颠覆项目

我以前从来没有分叉过一个项目,所以我对如何继续进行有点难过.我有一个项目,我自己使用,我作为BSD许可项目(项目A)发布.在工作中我想使用该代码,但需要对我们公司(项目B)进行特定的修改,但我希望能够使用来自我发布的基本代码的功能进行更新.

处理项目的两个分支并将项目A中的更改合并到项目B中而不覆盖我对项目B的模块的最佳方法是什么？

它被分成两个实体,我的主要仓库在Google Code上,然后是公司版本在我们自己的内部仓库中.我的问题是保持一切正常,因为需要从发布版本升级到发布版本,但保持自定义修改.