R pheatmap：更改注释颜色并防止弹出图形窗口

要为更多类别获得更多颜色，您将需要使用其他调色板。有许多连续的调色板，使您可以超越12个调色板（例如使用RColorBrewer）。

如果您按原样在MWE中运行代码，则不应弹出R图形窗口。我运行了您的示例，并在不向控制台打开图形设备的情况下生成了所需的文件。sessioInfo()如果您要比较以下是我的。我将尝试关闭所有设备（dev.off()，直到收到警告，提示您无法关闭空设备），然后运行热图代码以查看是否可以解决问题。我还将检查以确保您在当前正在使用的目录中具有写权限？？？

正如@cuttlefish在其评论中所述，要获取自定义的行/颜色，以在颜色列表中显示名称，必须配合colnames注释数据框的颜色。

超过12种颜色

mymat <- matrix(rexp(720, rate=.1), ncol=12)
colnames(mymat) <- c(rep("treatment_1", 3), rep("treatment_2", 3), rep("treatment_3", 3), rep("treatment_4", 3))
rownames(mymat) <- paste("gene", 1:dim(mymat)[1], sep="_")

annotdf <- data.frame(row.names = rownames(mymat), 
                      category = rep(paste0("Category_", seq(12)), each=5) )  

newCols <- colorRampPalette(grDevices::rainbow(length(unique(annotdf$category))))
mycolors <- newCols(length(unique(annotdf$category)))
names(mycolors) <- unique(annotdf$category)
mycolors <- list(category = mycolors)

pheatmap(mymat,
         color=greenred(75),
         scale="row",
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE,
         gaps_row=c(5,10,15,20,25,30,35,40,45,50, 55),
         gaps_col=c(3,6,9),
         cellheight = 6,
         cellwidth = 20,
         border_color=NA,
         fontsize_row = 6,
         main="Genes grouped by categories",
         filename = "TEST_12cat.png",
         annotation_row = annotdf,
         annotation_colors = mycolors
)

会话信息

R version 3.3.0 (2016-05-03)
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)
Running under: OS X 10.11.6 (El Capitan)

locale:
[1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] pheatmap_1.0.8     RColorBrewer_1.1-2 gplots_3.0.1      

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.3-0   scales_0.4.1       colorRamps_2.3     plyr_1.8.4         tools_3.3.0       
 [6] gtable_0.2.0       Rcpp_0.12.7        KernSmooth_2.23-15 gdata_2.17.0       grid_3.3.0        
[11] caTools_1.17.1     munsell_0.4.3      bitops_1.0-6       gtools_3.5.0