我想在10万个类似SpatialLines对象的10 km缓冲区中提取空间数据,并计算缓冲线周围每种土地覆盖类型的比例.在第一次,我使用该功能crop
来裁剪我的栅格.然后,我使用函数extract
(包栅格)来计算10种土地覆盖类型的比例.这是我的代码:
lapply(1:nrow(tab_lines), FUN=function(k){
buf_line <- gBuffer(seg_line[k], width=10000) ## seg_line = Lines objects
ha <-extract(x=data_raster,y=buf_line)
每种土地覆盖类型的比例必须是列(一列=一个土地覆盖类型)
ha_1 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==1])/length(ha[[1]]) ha_2 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==2])/length(ha[[1]]) ha_3 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==3])/length(ha[[1]]) ha_4 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==4])/length(ha[[1]]) ha_5 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==5])/length(ha[[1]]) ha_6 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==6])/length(ha[[1]]) ha_7 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==7])/length(ha[[1]]) ha_8 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==8])/length(ha[[1]]) ha_9 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==9])/length(ha[[1]]) ha_10 <-length(ha[[1]][ha[[1]]==10])/length(ha[[1]]) return(cbind(ha_1, ha_2, ha_3, ha_4, ha_5, ha_6, ha_7, ha_8, ha_9, ha_10)) })
如何加快30 000个空间线的处理时间?R中是否还有其他软件包可以为这种类型的提取提供更快的处理?
这是一个更简洁的表述
library(raster) library(rgeos) buf_line <- gBuffer(seg_line, width=10000, byid=TRUE) ha <- extract(x=data_raster, y=buf_line) h <- sapply(ha, function(x) tabulate(x, 10)) h <- h / colSums(h)
但我不认为这会快得多.你可以试试而不是提取物sp::over
根据您的计算机,首先运行可能会加快速度
beginCluster()