有谁知道如何将(工作)目录中的png图像导入/上传到RStudio Notebook脚本中?我喜欢将它包含在Notebook的HTML输出中.Rmarkdown中建议的脚本(http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_basics.html)在Notebook中不起作用.
这是我使用/创建的一些代码:
#' Plot pathways using the bioconductor *pathview* package. Five *.png images are placed in the working directory by default. >p <- pathview(gene.data=foldchanges, pathway.id=keggresids, species="hsa")) >str(p)
'str(p)'的日志是5的列表(每个路径一个),每个包含一个data.frame plot.data.gene,包含10个变量和一个plot.data.cpd:NULL
可以使用路径视图插图的第3-6页上的示例(https://www.bioconductor.org/packages/3.3/bioc/vignettes/pathview/inst/doc/pathview.pdf).
由于图像打印到工作目录,因此它不会显示在我的Notebook HTML中.有没有办法将图像导回到文档中,以便将其呈现到HTML文档中?我没有在markdown文档中工作,但在一个常规的R脚本中,我通过选择Notebook图标(或ctrl + shift + K)编译成HTML Notebook,因此下面的markdown脚本将不起作用:
![imagename](/images/file.png)
有什么建议?
嗯,这是你想要的吗?只需将png插入R markdown文件中?
--- title: "Crab" output: html_document --- #![Here is a Crab](Crab.png) You can also embed plots, for example: ```{r, echo=FALSE} plot(cars) ```