是否有一种干净的方式来处理以相同内容开头的两个原始git存储库？

假设我有两个从相同的初始内容创建的存储库.例如,如果我使用git来管理/ etc/apache2中的apache配置文件,我会分别git init在machine-a和machine-b上运行.

我已经对machine-b进行了一些配置更改,我希望将其应用于机器上的配置,而不会覆盖诸如主机名之类的非常见内容.

如果我这样做:

machine-a% remote add machine-b ssh://...
machine-a% git fetch machine-b

我得到了机器b上的所有提交,而GitX显示了一组完全断开的提交,正如我所料.

但是,如果我尝试合并任何机器b的更改,我会在所有修改的行上出现冲突.

就我的目的而言,这已经足够了,但我想知道,有更清洁的解决方案吗？