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用Python包装C库:C,Cython还是ctypes?

如何解决《用Python包装C库:C,Cython还是ctypes?》经验,为你挑选了9个好方法。

我想从Python应用程序中调用C库.我不想包装整个API,只包含与我的案例相关的函数和数据类型.在我看来,我有三个选择:

    在C中创建一个实际的扩展模块.可能是矫枉过正,我也想避免学习扩展写作的开销.

    使用Cython将C库中的相关部分公开给Python.

    在Python中完成所有工作,使用ctypes与外部库进行通信.

我不确定2)或3)是否是更好的选择.3)的优点是它ctypes是标准库的一部分,结果代码将是纯Python - 尽管我不确定这个优势实际上有多大.

两种选择都有更多优点/缺点吗?你推荐哪种方法?


编辑:感谢您的所有答案,他们为希望做类似事情的人提供了一个很好的资源.当然,这个决定仍然是针对单个案例做出的 - 没有人"这是正确的事情"的答案.对于我自己的情况,我可能会选择ctypes,但我也期待在其他项目中尝试Cython.

由于没有一个真正的答案,接受一个有点武断; 我选择了FogleBird的答案,因为它提供了对ctypes的一些很好的洞察力,它目前也是最高投票的答案.但是,我建议阅读所有答案以获得良好的概述.

再次感谢.



1> 小智..:

警告:未来Cython核心开发人员的意见.

我几乎总是推荐Cython而不是ctypes.原因是它具有更平滑的升级路径.如果你使用ctypes,一开始很多事情都很简单,用纯Python编写你的FFI代码肯定很酷,没有编译,构建依赖关系等等.但是,在某些时候,你几乎肯定会发现你必须经常调用你的C库,无论是循环还是更长的一系列相互依赖的调用,你想加快速度.这就是你会注意到你不能用ctypes做到这一点.或者,当您需要回调函数并且发现Python回调代码成为瓶颈时,您希望加速它和/或将其移动到C中.同样,你不能用ctypes做到这一点.因此,您必须在此时切换语言并开始重写代码的一部分,可能会将Python/ctypes代码反向设计为纯C,从而破坏了在纯Python中编写代码的全部好处.

使用Cython,OTOH,您可以完全自由地将包装和调用代码视为您想要的薄或厚.您可以从常规Python代码简单调用C代码开始,Cython将它们转换为本机C调用,不需要任何额外的调用开销,并且Python参数的转换开销极低.当你注意到你需要在你的C库中进行太多昂贵的调用时需要更多的性能时,你可以开始用静态类型注释你周围的Python代码,让Cython为你直接优化它.或者,您可以在Cython中开始重写C代码的一部分,以避免调用并在算法上专门化和收紧您的循环.如果你需要快速回调,只需编写一个带有相应签名的函数,然后直接将它传递给C回调注册表.同样,没有开销,它给你简单的C调用性能.在Cython中你真的无法快速获得代码的情况要小得多,你仍然可以考虑用C(或C++或Fortran)重写它的真正关键部分,并自然地和本地地从你的Cython代码中调用它.但是,这真的成为最后的选择,而不是唯一的选择.

因此,ctypes很擅长做简单的事情并快速运行.然而,一旦事情开始增长,你很可能会发现你从一开始就注意到你最好使用Cython.


+1这些都是好点,非常感谢!虽然我想知道是否只将部分瓶颈移到Cython上真的是一个开销.但我同意,如果你期望任何性能问题,你可以从一开始就使用Cython.

2> FogleBird..:

ctypes 是你快速完成它的最佳选择,并且很高兴与你合作,因为你还在编写Python!

我最近包装了一个FTDI驱动程序,用于使用ctypes与USB芯片通信,这很棒.我在不到一个工作日内完成了所有工作.(我只实现了我们需要的功能,大约15个功能).

我们以前使用第三方模块PyUSB用于同样的目的.PyUSB是一个实际的C/Python扩展模块.但是当阻塞读/写时,PyUSB没有发布GIL,这给我们带来了问题.所以我使用ctypes编写了我们自己的模块,它在调用本机函数时释放了GIL.

需要注意的一点是,ctypes不会知道#define你正在使用的库中的常量和东西,只知道函数,因此你必须在自己的代码中重新定义这些常量.

这是一个代码如何最终看起来的例子(大量剪掉,只是试图告诉你它的要点):

from ctypes import *

d2xx = WinDLL('ftd2xx')

OK = 0
INVALID_HANDLE = 1
DEVICE_NOT_FOUND = 2
DEVICE_NOT_OPENED = 3

...

def openEx(serial):
    serial = create_string_buffer(serial)
    handle = c_int()
    if d2xx.FT_OpenEx(serial, OPEN_BY_SERIAL_NUMBER, byref(handle)) == OK:
        return Handle(handle.value)
    raise D2XXException

class Handle(object):
    def __init__(self, handle):
        self.handle = handle
    ...
    def read(self, bytes):
        buffer = create_string_buffer(bytes)
        count = c_int()
        if d2xx.FT_Read(self.handle, buffer, bytes, byref(count)) == OK:
            return buffer.raw[:count.value]
        raise D2XXException
    def write(self, data):
        buffer = create_string_buffer(data)
        count = c_int()
        bytes = len(data)
        if d2xx.FT_Write(self.handle, buffer, bytes, byref(count)) == OK:
            return count.value
        raise D2XXException

有人在各种选项上做了一些基准测试.

如果我必须用一些包含很多类/模板/等的C++库来包装,我可能会更犹豫不决.但ctypes适用于结构,甚至可以回调到Python.


加入对ctypes的赞美,但注意一个(无证)问题:ctypes不支持分叉.如果你使用ctypes从一个进程派生,并且父进程和子进程都继续使用ctypes,你将偶然发现一个与使用共享内存的ctypes有关的讨厌错误.

3> carl..:

Cython本身就是一个非常酷的工具,值得学习,并且非常接近Python语法.如果你使用Numpy进行任何科学计算,那么Cython就是要走的路,因为它与Numpy集成以实现快速矩阵运算.

Cython是Python语言的超集.你可以抛出任何有效的Python文件,它会吐出一个有效的C程序.在这种情况下,Cython只会将Python调用映射到底层的CPython API.这可能导致50%的加速,因为您的代码不再被解释.

要获得一些优化,您必须开始告诉Cython有关您的代码的其他事实,例如类型声明.如果你告诉它足够,它可以将代码简化为纯C.也就是说,Python中的for循环成为C中的for循环.在这里你将看到大量的速度增益.您也可以在此处链接到外部C程序.

使用Cython代码也非常容易.我认为手册听起来很难.你真的只做:

$ cython mymodule.pyx
$ gcc [some arguments here] mymodule.c -o mymodule.so

然后你可以import mymodule在你的Python代码中完全忘记它编译为C.

无论如何,因为Cython很容易设置并开始使用,我建议尝试一下,看看它是否适合您的需求.如果事实证明这不是您正在寻找的工具,那将不会是浪费.


"你可以抛出任何有效的Python文件,它会吐出一个有效的C程序." < - 不完全是,有一些限制:http://docs.cython.org/src/userguide/limitations.html对于大多数用例来说可能不是问题,但只是想完成.
每个版本的问题都越来越少,以至于该页面现在说"大多数问题已在0.15中解决".
要添加,有一种更简单的方法来导入cython代码:将你的cython代码编写为`mymod.pyx`模块,然后执行`import pyximport; pyximport.install(); 导入mymod`并在后台进行编译.
@kaushik更简单的是http://pypi.python.org/pypi/runcython.只需使用`runcython mymodule.pyx`即可.与pyximport不同,您可以将它用于更苛刻的链接任务.唯一需要注意的是,我是那个为它编写20行bash并且可能有偏见的人.

4> Robert Zarem..:

为了从Python应用程序调用C库,还有cffi,它是ctypes的新替代品.它为FFI带来了全新的外观:

它以一种迷人,干净的方式处理问题(与ctypes相反)

它不需要编写非Python代码(如SWIG,Cython,...)



5> Chris Arguin..:

我会再扔一个:SWIG

它很容易学习,做了很多事情,并支持更多的语言,所以学习它的时间非常有用.

如果您使用SWIG,那么您正在创建一个新的python扩展模块,但是SWIG会为您完成大部分繁重的工作.



6> mipadi..:

就个人而言,我在C中编写了一个扩展模块.不要被Python C扩展所吓倒 - 他们写起来并不难.文档非常清晰且有用.当我第一次在Python中编写C扩展时,我认为花了大约一个小时来弄清楚如何编写一个 - 没有多少时间.


你包装C库还是编写新的C代码?
同意.Python的C-API并不像它看起来那么可怕(假设你知道C).但是,与python及其库,资源和开发人员库不同,在C语言中编写扩展时,基本上就是你自己.可能是它唯一的缺点(除了通常用C语写的那些).

7> Ryan Ginstro..:

当你已经有一个编译的库blob来处理时(例如OS库),ctypes很棒.然而,调用开销是严重的,所以如果你要对库进行大量调用,并且你将要编写C代码(或者至少编译它),我会说要去cython.这不是更多的工作,使用生成的pyd文件会更快,更pythonic.

我个人倾向于使用cython来快速加速python代码(循环和整数比较是cython特别闪耀的两个领域),当有更多涉及其他库的代码/包装时,我将转向Boost.Python.Boost.Python可能很难设置,但是一旦你有了它,它就会让C/C++代码变得简单.

cython也非常适合包装numpy(我从SciPy 2009程序中学到的),但是我还没有使用numpy,所以我不能对此发表评论.



8> Khelben..:

如果您已经有一个带有已定义API的库,我认为这ctypes是最好的选择,因为您只需要进行一些初始化,然后或多或少按照您习惯的方式调用库.

我认为Cython或在C中创建扩展模块(这并不是很困难)在您需要新代码时更有用,例如调用该库并执行一些复杂,耗时的任务,然后将结果传递给Python.

对于简单程序,另一种方法是直接执行不同的过程(外部编译),将结果输出到标准输出并使用子过程模块调用它.有时这是最简单的方法.

例如,如果您创建一个或多或少以这种方式工作的控制台C程序

$miCcode 10
Result: 12345678

你可以用Python调用它

>>> import subprocess
>>> p = subprocess.Popen(['miCcode', '10'], shell=True, stdout=subprocess.PIPE)
>>> std_out, std_err = p.communicate()
>>> print std_out
Result: 12345678

通过一点字符串格式化,您可以以任何您想要的方式获取结果.您还可以捕获标准错误输出,因此非常灵活.



9> Misha..:

有一个问题让我使用ctypes而不是cython,而在其他答案中没有提到.

使用ctypes,结果不依赖于您正在使用的编译器.您可以使用或多或少的任何语言编写库,这些语言可以编译为本机共享库.它没关系,哪个系统,哪个语言和哪个编译器.但是,Cython受到基础设施的限制.例如,如果你想在windows上使用intel编译器,那么让cython工作会更加棘手:你应该将编译器"解释"为cython,用这个精确的编译器重新编译一些东西等.这极大地限制了可移植性.

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linjiabin43
这个屌丝很懒,什么也没留下!
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