从data.frame或data.table构建一个方形邻接矩阵

这听起来像你正在寻找table,但你应该确保两列具有相同的因子水平:

levs <- unique(unlist(dt, use.names = FALSE))
table(lapply(dt, factor, levs))
#       Target
# Source a b c d
#      a 0 0 0 2
#      b 0 0 2 0
#      c 0 2 0 0
#      d 0 0 0 0

我不知道它是否会提供任何速度改进,但您也可以使用dcast"data.table":

dcast(lapply(dt, factor, levs), Source ~ Target, drop = FALSE,
      value.var = "Target", fun.aggregate = length)

您也可以使用igraph。因为您说过要处理大数据，igraph所以它具有使用稀疏矩阵的优点：

library(igraph)
g <- graph_from_data_frame(dt)
as_adjacency_matrix(g)
4 x 4 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
  a b c d
a . . . 2
b . . 2 .
c . 2 . .
d . . . .