结合ggplot2和d3(gridSVG教程导致非交互式图像)

我正在关注集成ggplot2和d3的简单教程.我正在本教程网站(http://timelyportfolio.github.io/gridSVG_intro/)上专门研究方法2 .我试图复制交互式情节(这是该页面上的最后一个情节).

我使用了相同的语法,并将其插入到.R文件中,如下所示:

library(gridSVG)
library(ggplot2)
library(XML)
library(rjson)

set.seed(955)
dat <- data.frame(cond = rep(c("A", "B"), each=10), xvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3), yvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3))

g4 = ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar)) + geom_smooth() + geom_point(shape=19, aes(color = cond), size=5)
g4
g4.svg <- grid.export("plot1.svg",addClasses=TRUE)

cat(saveXML(g4.svg$svg))

cat(
  ''
)

cat(
  ''
)

cat(
  '\n'
)

cat(''
)

我从这个脚本得到的唯一输出是plot1.svg文件.但是,当我在浏览器中打开它时(尝试过Safari和谷歌浏览器),它是图像的停滞版本.

我会给作者发电子邮件.但该联系信息不可用.它本来是一个简单的教程,所以我希望它是一个简单的解决方案!

我对这个交互式组件很新.但是,我一步一步地遵循了指示,并且不确定我可能忽略了什么.任何与解决此问题相关的支持或信息都将非常感谢!

EDITS

所以,我最后安装了R来看看我原来的答案出错了.我很接近.我错过了一个saveXML电话,因为@ arvi1000指出我没有来源d3.这是一个完整的修复示例.我刚用R 3.2.3运行它,它会myAwesomePlot.html在你的工作目录中产生一个:

library(gridSVG)
library(ggplot2)
library(XML)
library(rjson)

set.seed(955)
dat <- data.frame(cond = rep(c("A", "B"), each=10), xvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3), yvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3))

g4 = ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar)) + geom_smooth() + geom_point(shape=19, aes(color = cond), size=5)

# what does this line do?  It writes the SVG to the file "plot1.svg"?
g4.svg <- grid.export("", addClasses=TRUE)

# create a valid html file
cat("", file="myAwesomePlot.html")

# I'm assuming this gets the svg content and can write it to a file
cat(saveXML(g4.svg$svg), file="myAwesomePlot.html", append=TRUE)

cat(
'', file="myAwesomePlot.html", append=TRUE
)

cat(
  ''
  , file="myAwesomePlot.html", append=TRUE)

cat(
  '\n'
  , file="myAwesomePlot.html", append=TRUE)

cat(''
, file="myAwesomePlot.html", append=TRUE)

# close out file
cat("", file="myAwesomePlot.html", append=TRUE)

原始答案

自从我完成任何R编程以来已经有一段时间了,但这些cat功能看起来并不合适.他们会写入标准输出,而不是写入文件.我的猜测是grid.export只写svg文件而其他一切都被删除了.我一眼就认为你打算运行这段代码:

R myRCode.R > outPutFile.svg

这样stdout就会重定向到一个文件中.

我尝试重新编译代码并将所有内容html明确写入文件:

library(gridSVG)
library(ggplot2)
library(XML)
library(rjson)

set.seed(955)
dat <- data.frame(cond = rep(c("A", "B"), each=10), xvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3), yvar = 1:20 + rnorm(20,sd=3))

g4 = ggplot(dat, aes(x=xvar, y=yvar)) + geom_smooth() + geom_point(shape=19, aes(color = cond), size=5)
g4

// what does this line do?  It writes the SVG to the file "plot1.svg"?
g4.svg <- grid.export("plot1.svg",addClasses=TRUE)

// create a valid html file
cat("", file="myAwesomePlot.html")

// I'm assuming this gets the svg content and can write it to a file
cat(g4.svg$svg, file="myAwesomePlot.html")

cat(
  '', file="myAwesomePlot.html"
)

// etc, rest of JavaScript

// close out file
cat("", file="myAwesomePlot.html")

您缺少指向D3.js库的链接!

cat正如你所拥有的那样,在简单的R脚本中,只需输出到控制台,就像@Mark所说的那样.

要解决1)你的最终html文档必须包含:或等效文件.

要解决2),您可以使用Rmarkdown .Rmd文件并将所有内容放在一个块中.

在扩展名为.Rmd的文件中,使用以下行开始块:

```{r, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, message=FALSE}

接下来,确保在此行中包含D3库:

cat('')

然后添加上面的所有代码,然后结束块:

```

如果您在Rstudio中执行此操作,则可以点击"编织HTML".否则,您可以使用knitr::knit2html或rmarkdown::render从控制台或另一个.R脚本)