当前版本的data.table(1.9.8+)添加了一个blank.lines.skip似乎可以解决此问题的参数:
data.table
blank.lines.skip
fread('c1 c2\n\n1 2\n3 4\n',blank.lines.skip = TRUE) # c1 c2 # 1: 1 2 # 2: 3 4